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与此同时，舰长突然接到了二号机私自启动的消息，暴躁地喊着要强行停止二号机的启动，但美里一边和舰长抢话筒，一边嚷着要明日香把二号机开出来。
那一边，二号机驾驶舱中，随着明日香一口流利的德语，驾驶舱内的颜色闪烁，明日香开始了与二号机的同步，真嗣站在明日香的座位后面。
“滴滴滴……”
突然刺耳的警报声打断了两人的思绪，回过神看着满屏的错误提示，真嗣奇怪地问：“程序出错？怎么回事？”
“思考杂讯。不是叫你不要妨碍我吗！”明日香不满地说道。
“哈啊？”真嗣惊讶。
没等真嗣说话，明日香就继续嚷道。“你在用日语思考吧？要跟我一样用德语才行！”明日香回过头对真嗣无奈地说道。
真嗣也是无奈地结结巴巴地说了一个谁也没听懂的单词。
“你真是个笨蛋。”明日香已经无法忍受了，“算了，思考语言切换成以日语为基础！”明日香气愤的对着系统喊道。
满屏的错误提示消失，转变成了正常启动时的画面。“EVAGELION二号机，启动！”随着明日香自信的声音，二号机四只碧绿色的眼睛睁开，火红的身影从船舱中站了起来。
“二号机仍旧是B型装备，掉到海里就无法行动了。”真嗣抬头看着二号机的装备表。对明日香说着。
“没关系，不掉下去不就好了。”明日香精神极为集中，放在操纵杆上的双手都有些颤抖，毕竟和使徒面对面的战斗还是第一次。
“啊嘞？真嗣也在上面吗？”美里的声音通过话筒传到了二号机的驾驶舱。
“嗯，我也在。”真嗣回答道。
“可惜你们已经晚了！”英格拉姆低沉的声音突然插了进来。
“啊？”真嗣有些意外地问。
“什么叫作‘已经晚了’？到底怎么回事？”因为之前被真嗣拖延了时间的明日香非常不满地大叫道。
“就是这个意思，你看我们队长的实力……”隆圣带着一丝显摆的语气说道。
只见R-GUN现在已经变成大炮模式而其前方的怪物的脑袋上有一个大洞。
“你竟然打倒了使徒？”这下明日香更加吃惊地喊道。
“小鬼真是没有见识，这不是使徒，是MU的机动兵器DOLEM的一种，军方命名的代号为Allegretto（音乐术语小快板）。”
“好可怕，就好像完全变了一个人一样啊！”真嗣有些惊讶地听着此时英格拉姆的声音道。
“呼呼！战斗结束了！”英格拉姆长吁了一口气。
“嘀嘀嘀……”驾驶舱内突然响起了代表危险的警报。
“什么？”他大吃一惊，操作R-GUN迅速变回人形，双手成掌向前伸出去，“念动FIELD！”
两道光束一齐射来，经过了一个无形的东西之后发生稍微的偏转，但还是打在了机体的腹部，中弹的R-GUN掉落大海。
“队长/哥！”
“没问题，这点损伤不影响行动！”英格拉姆一边回应着一边让机体飞出水面。
“又来了两个！”真嗣看着突然出现的敌人惊讶地喊道。
两只Allegretto同时发出高亢的音波：“啊！——”
一道音波在海面上激起了一层层的巨浪向航母扑去，航母在巨浪中也剧烈地摇晃起来，未起飞的几架战斗机被抛起来，几架砸在R系列和高达们身上，另外几架则落进海里。而另一道音波则直接向航母的舰岛方向冲去。
“危险！”明日香叫喊道，同时操纵着EVA二号机突然来了几个漂亮的飞跃来到SRX前面，同时展开了A.T.FIELD。
“美里，把紧急外部电源拿出来。”明日香扫了一眼计时器在座位上喊道。
“已经准备好了，拿去吧。”美里立即回应道，同时升降机把电源送上了甲板。
身旁的剑介则是举着摄影机迅速地换盘，突然发现了一个异样的事情：“哇啊，那不是YAK—38改吗？”
顺着剑介的目光美里也看向了甲板，只见甲板上升起了一架小型战斗机。
“喂，葛城。”一个磁性的声音透过通话器传了出来。
“加持～”以为加持要来帮忙，所以美里一脸兴奋地叫道，“你来帮忙了吗？”
“很遗憾，我有一件非常重要的东西要送，先走一步了。那么这里就拜托你了啊，葛城一尉。”声音随着飞机的离去越飘越远。只留下一脸黑线的美里在那里发呆。
“他竟然逃了……”冬治在旁边呆呆地说着。
同时“超越彩虹”和“托勒密”两舰都收到了TERRA司令官下达的命令：“原地继续牵制MU的兵力掩护突击队行动。”
『TERRA是要利用现在的情况开始‘霸王’行动！因为这里一下出现了三只DOLEM的话，东京木星外围MU就不会有多少兵力了，毕竟即使以他们的技术穿透次元壁垒的消耗也很大，这样一来我方就能够进行大规模的突入。』薇蕾妲看着这份命令思考着。
『只是我们为什么会成了对方的重点目标……难道MU也想要亚当？眼下的首要问题是我们能不能挺住！』
『哥，还是先让R-GUN返回紧急修理吧，以现在的状态应该无法再战斗了！』
伴随她的声音，“托勒密”号已经从高空降下，并且打开了回收的舱门。
“的确，现在只能先回去修一下了，莱，现场指挥暂时交给你了！”英格拉姆这样想着，驱动R-GUN转身飞向了远处的“托勒密”。
“遵命！高达小队牵制敌人，SRX小队进行合体了！然后集中先攻击其中一个目标！”R-2的机师莱迪斯得到授权后，立即向SRX小队和高达小队发出了命令。
明日香一边在前面抵挡着攻击一边回头看了一眼：“哦，那么另外一个就交给我吧！”
三架高达中的妖天使开始高速地接近一只Allegretto，以其速度的优势围绕着对方不停地飞舞着，时不时地用GN冲锋枪扫射一下，不求有效杀伤对方，只要分散对方的注意力就好。同时疗天使和狱天使在不同方向的中远距离上，分别用背部组件中的GN大型加农炮和手持的GN浮游步枪朝着目标轰击，让它也不能集中注意力对付身边的妖天使。
这样牵制了一会之后，SRX小队的三架机体则完成了合体过程，成为超级机器人SRX。然后SRX的胸口装甲打开，用手从里面拔出了一把剑柄，里面喷射出了一股液态金属，以念动FIELD固定成了剑刃的形态。
“必杀！天上天下无敌剑！”伴随着隆圣的高喊声，SRX“眼镜”下的双眼突然一闪，冲向了刚才一直被几架高达牵制着的那只Allegretto，举起手中的巨剑狠狠地砍进了它的脸，同时在周围飞舞的高达们立即后退了。
“轰隆！”一声爆炸后它向后掉进了海里，几秒之后海中再度响起一声爆炸。
“竟然一击而破？”在后面看着的美里有些惊讶地喊道。
“因为……这是我们为MU准备的最后杀手锏！”已经回到托勒密上的英格拉姆回答道。
“就算对手不是使徒，我也不会输给别人的！”随着明日香非常不服的话语，EVA二号机的左肩处的装甲打开，一把接近于美工刀形状的武器弹了出来，握住后摆出了战斗的姿势，启动的粒子刀嗡嗡作响。
“真的没问题吗？”真嗣看着这把短短的小刀有些担心。
“其它武器暂时还在那边的船上呢……但是现在我不能示弱！”明日香瞪了真嗣一眼，同时操作着二号机朝残存的Allegretto冲过去，真嗣也只能默默祈求能够成功。
在航母甲板的尽头二号机全力一跃，一个凌空翻滚落扑到对方的身上，将手中的小刀刺进了对方的胸口。
“啊！——”Allegretto再次发出攻击音波，虽然EVA二号机急忙展开A.T.FIELD防御但还是被一下推进了水里。
“糟糕，沉下去了！被回收电缆把它拉上来！”美里见状连忙命令道。航母上的电缆圈开始飞速旋转收回电缆将二号机拉回到海面上。
“原本的故事里用这招可以钓上那条鱼，不过现在要对付的是鸟啊！”见此时没有多少行动能力的二号机，英格拉姆随即让其他机体到ALLEGRETTO周围骚扰，以求吸引开它的注意力。
“没有武器直说啊，不用那么逞强啊！”薇蕾妲也在通讯器里批评明日香道。
操作着二号机顺利爬上航母，但同时把没剩下几架的舰载机全都弄进了海里，之后明日香非常不高兴地想要反驳，突然发现空中有一个巨大的降落伞飘到面前，伞下面挂着一个巨大的箱子，在落在甲板上之后缓慢地打开了。
“EVA用火箭炮两门？”明日香有些意外，但是也没有犹豫地拿起这个武器，二号机一手拿着一门对准Allegretto同时扣下扳机。爆炸的硝烟散去之后，对方已经不见了踪影。
战斗结束之后，英格拉姆对“超越彩虹”号的舰长建议道：“以您的名义给TERRA发报吧……战斗结束但损失较大，请求下一步指示。”
舰长看着外面仅剩的两艘航母而且甲板都空空荡荡的了，也无奈地点点头对副舰长说道：“就照这个发报吧。”
收到的回电是：“突入作战已经结束，你部至新横须贺港修整。”于是事情又回到原来的轨道上了。
不久之后，舰队慢慢地驶进了那个军港。
“终于回到岸边了，真是一段煎熬啊。”美里仰靠在车中的椅子上，用手挡着眼睛，一副解脱的样子。
“你们又打了一场漂亮的战斗呢。”乘车而来的律子笑着说道。不过她的眼睛并没有离开手里数据的意思。
“真是的，早就应该想到会有战斗发生的可能，不然就不会这么狼狈了。”美里自顾自的说着。
“你居然也会自我反省，可是很难得的哦。”律子看向了美里。
“有什么关系，反正也取得了胜利，还拿到了新的数据资料。”美里依旧保持着仰天的姿势道。
“似乎你还有很不甘心的事情……”律子听出她似乎另有意思。
“这次的战斗其实风头都让那个家伙占去了。”美里低声地嘟囔道，同时斜眼看了一眼依旧悬浮在空中的“托勒密”。
此时“托勒密”号的走廊上，英格拉姆表情严肃地对说道：“明天我们可能要去见TERRA的总司令了，所以你需要有一点心理准备。”
“TERRA司令……功刀仁？”薇蕾妲说出这个名字的时候，突然颤了一下。
同时真嗣刚刚和明日香从二号机里面出来。
“情侣装啊！！”冬治惊讶地看着从上面下来的两个人，张大嘴巴几乎能吃下一个篮球。而剑介则是对着身穿红色驾驶服的真嗣拍个不停。真嗣非常不好意思地缩成一团，不想让他拍。
明日香下来之后就左顾右盼地好像在找什么，最终，她朝美里她们的车飞奔过去，来到车前急切地问道：“那个，加持先生呢？”
“他早就跑掉了，估计这一会儿都已经到了本部了！”美里极度不满地说道。
“诶？怎么这样啊，还想要他看看我作战时的英姿呢。”明日香一脸失望的说着。
“切。那个混蛋，回去一定要他好看。”美里一脸愤怒地念着。
与此同时，在NERV本部，“啊，真是一段如恶魔般的旅行啊。”加持走到了办公桌前，看着桌子前的密码箱，然后看向同样站在桌子前的碇源渡。
片刻的沉默后，加持继续开口说道：“我已经将它恢复到了这种程度了。虽然用强化树脂封着，但是这东西依旧是活的。”随着加持的手轻轻拨弄，箱子被打开了。里面是一个用树脂封住的小生物，身体还在突突地颤抖着。
“这是就是人类补完计划的核心吧？。”
“没错，最初的人类——亚当。”碇源渡的声音中有着一丝兴奋。